Encontrei no site da Microsoft um documento muito interessante sobre as melhores práticas de desenvolvimento de aplicações para a plataforma 64-bit do Windows.
http://www.microsoft.com/whdc/system/platform/64bit/WoW64_bestprac.mspx
Neste documento podemos encontrar informações importantes de como preparar a nossa aplicação para que seja possível correr em ambientes 64-bit
Jorge Moura 